「自社に合ったシステムを作りたいが、開発費用が高くて踏み出せない」——そんな中小企業経営者に知ってほしいのが、補助金を使ったシステム・アプリ開発です。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（2025年6月公式サイト開設・第1回公募は2026年8〜9月）などを活用すれば、開発費の1/2〜2/3が補助される可能性があります。本記事では、実際に補助金を使ってシステム・アプリを開発した事例と、採択のポイントを解説します。
1補助金でシステム・アプリ開発ができることを知っていますか？
補助金でシステム・アプリ開発ができる主なケース：
✅ 新規事業・新サービスのためにシステムをゼロから開発する
✅ 既存業務の効率化・自動化のためにRPA・業務システムを開発する
✅ 自社ブランドのECサイト・予約システム・アプリを構築する
✅ AIを活用した新しいサービス・ツールを開発する
✅ ポータルサイト・マッチングプラットフォームを構築する
重要なのは「既存事業の延長ではなく、新しい付加価値や事業展開に向けた開発であること」が採択のポイントです。また、補助金によって対象経費・補助率・要件が異なるため、開発内容に合った制度を選ぶことが重要です。
2システム・アプリ開発に使える補助金3選（2025年度版）
従来の「ものづくり補助金」と「中小企業新事業進出補助金」が統合され、「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」として2025年6月29日に公式サイトが開設されました。第1回公募は令和8年8月31日〜9月30日です。
| 枠 | 補助率 | 補助上限 |
|---|---|---|
| 革新的新製品・サービス枠 （新製品・新サービス開発） |
中小1/2・小規模2/3 | 750万〜2,500万円（賃上げ特例で最大3,500万円） |
| 新事業進出枠 （既存事業と異なる新市場進出） |
中小1/2・小規模2/3 | 詳細は公募要領参照 |
| グローバル枠 （海外市場開拓） |
中小1/2・小規模2/3 | 詳細は公募要領参照 |
対象経費：機械装置・システム構築費（必須）、クラウドサービス利用費、外注費、技術導入費、広告宣伝・販売促進費 等
達成要件：補助事業終了後3〜5年で付加価値年平均成長率+4.0%以上・1人あたり給与年平均成長率+3.5%以上・最低賃金+30円以上
事業再構築補助金は2024年第12回公募をもって終了しています。その役割は上記「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（新事業進出枠）」が継承しています。旧制度で採択を受けた企業はそのまま事業化を進めてください。
事業再構築補助金は現在新規申請を受け付けていません。新規で申請をご検討の方は「新事業進出・ものづくり商業サービス補助金」をご確認ください。
小規模事業者が販路開拓のためにECサイト・予約システム・ホームページを構築する費用を補助します。補助額は小さいですが、審査難易度が比較的低く、小規模な開発に向いています。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 補助率 | 2/3 |
| 補助上限 | 通常枠 50万円（特例枠で最大200万円） |
| 対象経費 | ウェブサイト関連費・広報費・展示会出展費 等 |
| 注意 | 他の補助金との併用不可。ウェブサイト関連費は補助金額の1/4が上限 |
3補助金を活用したシステム開発の実践事例
弊社（株式会社YsLink / Bizle運営元）は、実際に複数の補助金を活用して自社プロダクトを開発した経験を持っています。補助金でシステム・サービス開発を検討している方へ、実際の事例としてご参考ください。
事業再構築補助金（旧制度）を活用して、実店舗向けのポイント・ロイヤリティアプリ「ReGOO」を開発。IT・Web支援事業からデジタルプロダクト開発事業への新分野展開として採択されました。
ものづくり補助金を活用して、地域ポータルサイト「Coico」と、AI活用MEO対策SaaS「COCQLE（ここくる）」を開発。「革新的な新サービスの開発」として採択されました。
東京都限定の「経営強化基盤事業（助成金）」を活用して、法人向けeラーニングサービス「Bizle」とAI生成補助金申請ツール「SaitaQly（サイタクリー）」を開発。デジタルサービス事業への新分野展開として採択されました。
Bizle公式サイト → ／ SaitaQly公式サイト →（2025年7月リリース予定）
複数の補助金を使い分けることがポイントです。弊社のように、事業の内容・規模・目的に応じて最適な補助金を選び分けることで、開発コストを大幅に圧縮しながら複数のプロダクトを展開できます。
4採択されるための事業計画書のポイント
5補助金×リスキリング助成金の組み合わせで開発＋人材育成を同時に進める
システム・アプリ開発と人材育成を同時に進めることで、最大の相乗効果が生まれます。
・開発費は補助されるがシステムを使いこなす人材が育っていない
・開発後の運用・改善を外注し続けてコストがかさむ
・社内にノウハウが蓄積されない
・補助金でシステム・アプリを開発
・リスキリング助成金で開発後の運用スキルを習得
・内製化により外注費を削減しノウハウを蓄積
システム・アプリ開発のご相談は株式会社YsLinkへ
Bizleを運営する株式会社YsLinkは、補助金・助成金を活用したシステム・アプリ・ECサイト・DXツールの開発支援を得意としています。ReGOO（ポイントアプリ）・Coico（ポータルサイト）・COCQLE（MEO SaaS）・Bizle（eラーニング）・SaitaQly（AI補助金申請ツール）など、自社でも複数の補助金を活用してプロダクトを開発してきた実績があります。「補助金でこんなシステムを作りたい」というご相談もお気軽にどうぞ。
株式会社YsLink 公式サイト →
補助金で開発したシステムを、
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本記事の補助金情報は2025年7月時点のものです。補助金の要件・補助率・申請期間は年度ごとに変更されます。必ず中小企業庁の公式サイトで最新情報をご確認ください。